1965年、東京に生まれる。桐朋学園大学で作曲を学んだのち、1990年から92年までDAAD奨学生としてフライブルク音楽大学に留学。1993年から94年まで、文化庁芸術家在外研修員としてパリに滞在し、95年までフランス国立音響音楽研究所(IRCAM)で、コンピュータ音楽を研究する。作曲を末吉保雄、クラウス・フーバー、サルヴァトーレ・シャリーノに、コンピュータ音楽をフィリップ・マヌリに、オルガンをジグモント・サットマリーに師事。
ローマのブッキ国際作曲コンクール第1位(1991)、ワルシャワのセロツキ記念国際作曲家コンペティション第2位(1992)、芥川作曲賞(1996)をはじめ、アムステルダムのガウデアムス国際音楽週間(1992)やISCM世界音楽の日々(2001)での入選、芸術選奨文部科学大臣新人賞(2002)など、国内外で数多くの賞を受賞。
カトリックの信仰に基づく儀式としての音楽空間を探究。近年は仏僧、聲明家とのコラボレーションを通じて、仏教音楽との交流から新たな領域を開拓している。また、ノイズ・ミュージックのMERZBOWをはじめ、世界的振付家リン・フアイミン(林懐民)率いる台湾のダンス・カンパニー、クラウド・ゲイト・ダンス・シアター(雲門舞集)、ヴィデオ・アーティストの兼古昭彦、ダンサー・振付家の金森穣など、他分野における第一人者とのコラボレーションも多い。
コンサート・プロデューサーとしても意欲的な活動を行っている。1995年から5年間、渋谷ジァンジァンで、シリーズ「東京20世紀末音楽集団 →2001」、1997年から99年まで神奈川県立音楽堂で、「権代敦彦シリーズ・21世紀への音楽」を企画制作。1995年および99年には、東京カテドラルで自らの個展をプロデュース。2004年には、サントリー音楽財団のコンサート・シリーズ「トランス・ミュージック〜対話する作曲家」の特集作曲家として企画も手がけた。
オーケストラや合唱作品を集めたCD『薔薇色の肖像』(Fontec)が1999年に、ピアノ作品をまとめたCD『きらめく光のとき−祈り』(ALM RECORDS)が2004年にリリースされている。
2000年にはニュージーランドのウエリントン・ヴィクトリア大学、オークランド大学で講義を行う。また2003年、アーティスト・イン・レジデンスとしてノルウェーのベルゲンに滞在。ベルゲン大学グリークアカデミーで講義を行う。2004—2005年、オーケストラ・アンサンブル金沢のコンポーザー・イン・レジデンス。
2007年、仙台フィルハーモニー管弦楽団の委嘱によって《ジャペータ――葬送の音楽I》を作曲、同年に初演され好評を博し、これまでに数度の再演を重ねている。2010年3月には、ロンドンのロイヤル・フェスティバル・ホールにおけるフィルハーモニア管弦楽団のコンサート・シリーズ「ミュージック・オヴ・トゥディ(MoT)」に特集作曲家として招待され、作品が演奏された。9月には、サイトウ・キネン・フェスティバル松本とカーネギーホールの共同委嘱による《デカセクシス》が、松本で開催された同フェスティバルで、また12月にはカーネギーホールにおいて、下野竜也指揮のサイトウ・キネン・オーケストラによって初演され、成功を収めた。
現在、東京とパリを拠点に作曲活動を展開している。カトリック教会オルガニスト。
(写真: 中野正貴 / © Schott Music Co. Ltd.)